Ο Ερμής ιδρύθηκε τπ 1928 στην Κοκκινιά και είναι από τους πιο παλιούς και ιστορικούς συλλόγους της χώρας.
Από την ίδρυσή του συμμετείχε στα πρωταθλήματα της Ένωσης Ποδοσφαιρικών Σωματείων Πειραιά, δεδομένου ότι τότε δεν υπήρχαν Εθνικά Πρωταθλήματα, αλλά μόνο τοπικά πρωταθλήματα.
Οι πρωταθλητές των πόλεων με μεταξύ τους αγώνες έβγαζαν τον Πρωταθλητή Ελλάδος.
Η συμμετοχή του Ερμή ήταν ισότιμη με αυτές των μεγάλων ομάδων όπως του Ολυμπιακού, του Παναθηναϊκού, της ΑΕΚ, κ.λ.π.
Σημαντικό ιστορικό στοιχείο είναι η συμμετοχή του Ερμή στο 1o Δελτίο ΠΡΟ-ΠΟ της 1ης Μαρτίου του 1959.
Το 1980 μεταφέρθηκε η έδρα του στον Κορυδαλλό, στην πλατεία Μερκάτη και μία παρέα αθλητών του, ανέλαβε τις τύχες του. Ταυτόχρονα πρόσθεσε στα χρώματα του το σκούρο μπλε, και τον οδήγησε στον δρόμο των επιτυχιών.
Από την ανυποληψία της Γ' τοπικής κατηγορίας ο σύλλογος έφθασε το 1990 στην Δ' Εθνική, Παννελήνια κατηγορία όπου αγωνίστηκε για μια μόνο περίοδο και επέστρεψε στην Α' κατηγορία Πειραιά.
Πρωταγωνιστώντας κάθε χρόνο στην κατηγορία αυτή και φθάνοντας δύο φορές στον τελικό του Κυπέλλου Πειραιά, κατάφερε το 2001 να επανέλθει στην Δ' Εθνική, όταν την ομάδα είχε πλέον αναλάβει σαν Πρόεδρος ο γιατρός Γιάννης Χρυσάγης.
Τα επτά χρόνια παρουσίας του στην Πανελλήνια αυτή κατηγορία, στα περισσότερα πρωταγωνιστώντας, καταξίωσαν τον Ερμή σαν έναν από τους σοβαρότερους και αξιόλογους ερασιτεχνικούς συλλόγους της Χώρας. Παράλληλα το όνομα του έγινε γνωστό στο Πανελλήνιο.
Από εφέτος ο Ερμής αγωνίζεται πάλι στην Α' Κατηγορία της Ε.Π.Σ.ΠΕΙΡΑΙΑ, έχει τα γραφεία του στην πλατεία Αγίου Γεωργίου, στον Κορυδαλλό και είναι έτοιμος για νέες αθλητικές διακρίσεις και διεκδικεί την επάνοδο του στην Δ' Εθνική Κατηγορία.
Αξίζει να μνημονευθούν τα ονόματα των Προέδρων της νεότερης ιστορίας του Ερμή.
Μνήμες σε φόντο ασπρόμαυρο, τότε που τα γήπεδα ήταν ξερά...